La Red de Redes contempla un Consejo Coordinador General compuesto por: a) La Asamblea de Miembros; b) El Consejo Directivo; c) La Secretaría Ejecutiva y  d) El Grupo Asesor.

La Asamblea de Miembros es la máxima instancia de reunión, debate y decisión entre todos los miembros de la Red de Redes, tiene como fin definir las pautas estratégicas que guiarán la formulación del Plan Estratégico bi-anual. Para constituir la Asamblea de Miembros y definir membresías, cada entidad participante presentó una Carta de compromiso. El no envío de esta carta significa no formar parte como Miembro Pleno de la Red de Redes en la primera etapa. No se descarta la incorporación posterior, observando el mecanismo establecido para la agregación de nuevos miembros.

El Consejo Directivo es el ente rector de la Red de Redes, responsable de tomar las decisiones estratégicas que orienten su funcionamiento y desarrollo, entre ellas la formulación del Reglamento Interno de la Red de Redes que deberá consultar con la Asamblea de Miembros de la Red de Redes para su aprobación. Se integra por cinco miembros denominados Consejeros o Consejeras, quienes tienen la potestad de elegir de entre ellos y ellas a un Presidente o Presidenta que oficiará además como representante de la Red de Redes, con una duración de dos años en el cargo. Se contemplará la representación de sub-regiones y género como criterios de composición final. Los y las integrantes del Consejo Directivo tendrán carácter rotativo de tres Consejeros o Consejeras cada dos años. Los Consejeros y Consejeras deberán ser propuestos y propuestas de entre los Miembros Plenos de la Red de Redes, y ser elegidos o elegidas mediante consulta amplia a la Asamblea de Miembros. Se reunirá al menos una vez al año en modo presencial para complementar el trabajo virtual de dirección.